Svenska institutets verksamhet i Östersjöregionen ska bland annat bidra till de övergripande målen i EU:s strategi för Östersjöregionen; rädda havsmiljön, länka samman regionen och öka välståndet. Svenska institutets verksamhet bidrar också till att stärka demokrati, öka respekten för mänskliga rättigheter och verka för en mer utvecklad rättsstat i länderna i det Östliga partnerskapet. Samarbetet ska även öka integrationen mellan EU:s Östersjöländer och länderna inom EU:s Östliga partnerskap samt Ryssland.
Verksamheten kan inkludera Sverige, Armenien, Azerbajdzjan, Belarus, Estland, Lettland, Litauen, Georgien, Moldavien, Polen, Ryssland och Ukraina. I vissa verksamheter kan även Danmark, Finland och Tyskland inkluderas. Observera att Svenska institutet har avbrutit allt finansiellt stöd till offentliga aktörer i Ryssland och Belarus.
Svenska institutet finansierar utbyten och samarbeten för både individer och organisationer. Genom utbytes- och utvecklingsprogram, stöd till projektsamarbeten samt stipendier bidrar Svenska institutet till ökad kapacitet, nätverk, långsiktiga relationer och samarbeten mellan Sverige och övriga länder i Östersjöregionen.